Gipuzkoa dentro del programa operativo FEDER País Vasco 2007-2013, tiene previsto actuar en los siguientes ejes prioritarios:

Eje 1 - Economía del conocimiento, innovación y desarrollo empresarial

En este eje, cuyo principal destinatario es la PYME, se marcan los siguientes objetivos generales:

1.- Aumentar el ratio de inversión en I+D+i sobre el PIB, para lo que se plantean las siguientes prioridades estratégicas:
a) potenciar el sistema vasco de innovación
b) aumento del porcentaje de la inversión empresarial en I+D+i sobre el PIB
c) extensión de las nuevas tecnologías de la información y comunicación

2.- Mejorar la productividad y competitividad de las empresas, para las que se definen las siguientes prioridades estratégicas:
a) apoyo a la internalización y promoción exterior
b) apoyo a las inversiones innovadoras de las empresas

Eje 3 - Recursos energéticos y acceso a servicios de transporte

En este eje se marca el objetivo general de contribuir al desarrollo sostenible, reforzando las sinergias entre crecimiento económico y protección del medio ambiente, planteándose potenciar la eficiencia energética y las energías renovables.