Batasunaren fondoak eskualde eta estatu kideen arteko garapenean diren aldeak murrizteko helburu nagusiaz sortutako finantza bitartekoak dira. Horretarako, izaera bikoitza, eskualdekoa eta funtzionala, duten berariazko helburuak finkatu dira. Geografikoki mugatutako Egitura fondoek guztizkoaren %85- eskualde behartsuenetan eragiten dute, esleipenerako irizpide gisa Batasunaren batezbestekoarekiko beren egoera erlatiboa zehazten duten adierazle ekonomikoak erabiliz. Gainerako %15 helburu horizontal edo funtzionalen artean banatzen da. Horiek ez dute mugaketa geografikorik, eta lehentasunezkotzat jotzen diren jarduera eremuetan aplikatzen dira, hala nola iraupen luzeko langabezia, gazteen langabezia, biztanleria aktiboaren industri aldaketarako egokitzapena, aukera berdintasunaren sustapena, eta abar.

Gipuzkoak jaso dituen fondoak, hein handi batean Foru Aldundiak kudeatu dituenak, eta baita udalek nahiz gure lurraldean eskuduntzak dituzten herri administrazioaren beste maila batzuek ere, Gipuzkoa, EAEren zatirik handiena bezala, 2 Helburuan sartua izanak, hau da, industri gainbeherak erasandako eremuen artean, baldintzaturik egon dira. Halaber, 3 Helburura eta 4 Helburura emandako izaera horizontaleko fondoak eskuratu dira. 1994. urtez geroztik, bederatzi udalerri - Aia, Albiztur, Alkiza, Asteasu. Beizama, Bidegoian, Errezil, Hernialde eta Larraul - 5b Helburuari dagozkion laguntzak jaso ditzaketen eremuetan sartuta daude. Helburu horrek nekazal egiturak egokitzea eta landako eremuen garapena sustatzea ditu xede. Berebat, Gipuzkoak Batasunaren Ekimen ezberdinen edo RESIDER, INTERREG, LEONARDO, EUROFORM, ADAPT, HORIZON eta abarren moduko berariazko programen aplikazioari atxikitako fondoak jaso ditu. Kohesio Fondoari ere aipamen berezia zor zaio.
      
1 Helburua
Egitura arazoak dituzten eskualdeen garapena (Batasunaren batezbestekoaren %75 baino BPG baxuagoa)
Esku hartzen duten fondoak:
EGEF, EGIF, NOBEF-O

2 helburua
Industriaren gainbeherak erasandako eskualdeen birmoldaketa
Esku hartzen duten fondoak:
EGEF, EGIF

3 helburua
Iraupen luzeko langabeziari aurre egitea, gazteen lan txertaketa erraztea eta gizartetik baztertuak izateko arriskuan dauden pertsonak integratzea
Esku hartzen duten fondoak:
EGIF

4 helburua
Langileen industri aldaketetarako egokitzapen ahalmena faboratzea
Esku hartzen duten fondoak:
EGIF

5a helburua
Nekazal eta arrantza sektoreen doikuntza
Esku hartzen duten fondoak:
IFOP, NOBEF-O

5b helburua
Nekazal egiturak egokitzea eta landako eremuen garapena sustatzea
Esku hartzen duten fondoak:
NOBEF-O, EGEF, EGIF

6 helburua
Dentsitate demografiko eskaseko eskualdeen garapena
Esku hartzen duten fondoak:
EGEF, EGIF