Con la reforma, se intenta convertir a los diferentes Fondos en auténticos instrumentos de desarrollo económico y social, por ello, en aras a la mayor eficacia posible de los Fondos estructurales, su aplicación va a responder al principio de concentración en una doble dimensión: funcional y geográfica.
Así se definen unos objetivos funcionales a los Fondos y los ámbitos de intervención en que dentro de cada objetivo podrán aplicarse los recursos, dichos objetivos son cinco: objetivo 1, objetivo 2, objetivo 3, objetivo 4 y objetivo 5a y 5b.
 
Hay tres objetivos de carácter territorial (objetivo 1, objetivo 2 y objetivo 5b), y tres horizontales (objetivo 3, objetivo 4 y objetivo 5a) ya que las ayudas no van dirigidas a regiones sino a colectivos o grupos de población. Los diversos Fondos estructurales intervienen a través de los objetivos de la manera siguiente:
El 10% de los Fondo estructurales se reservan a Iniciativas comunitarias: RECHAR (cuencas hulleras), ENVIREG (mejora del medio ambiente), STRIDE (innovación y desarrollo), LEADER (desarrollo rural), INTERREG (desarrollo fronterizo), REGEN (gas natural y electricidad en regiones menos desarrolladas), REGIS (regiones ultraperiféricas), PRISMA (ayudas a las empresas para la mejora de infraestructuras y servicios), TELEMATICA (fomento de servicios avanzados de telecomunicaciones), EUROFORM
(desarrollo de nuevas cualificaciones y oportunidades de empleo través de medidas transnacionales), NOW (reinserción laboral de las mujeres y formación profesional), HORIZON (promover la integración económica y profesional de minusválidos y grupos desfavorecidos), RETEX (diversificación económica de zonas con dependencia del sector textil y de confección), RESIDER (nuevas actividades económicas que creen puestos de trabajo).
 
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