Avec la réforme, l'Union cherche à transformer les Fonds en authentiques instruments de développement économique et social. C'est pourquoi, pour augmenter leur efficacité, leur application va répondre au principe de concentration dans une double dimension : fonctionnelle et géographique.
C'est ainsi que sont définis des objectifs fonctionnels des Fonds et les domaines d'intervention qui bénéficieront des ressources de chaque objectif. Ces objectifs sont les suivants . objectif 1, objectif 2, objectif 3, objectif 4 et objectif 5a et 5b.
 
Trois objectifs ont un caractère territorial (objectif 1, objectif 2 et objectif 5b), et trois un caractère horizontal (objectif 3, objectif 4 et objectif 5a) puisque les aides ne sont pas destinées à des régions mais à des collectifs ou des groupes de population. Les divers Fonds Structurels interviennent par le biais des objectifs de la manière suivante:
10% des Fonds Structurels sont réservés à des Initiatives Communautaires: RECHAR (bassins houillers), ENVIREG (amélioration de l'environnement), STRIDE (innovation et développement), LEADER (développement rural), INTERREG (développement frontalier), REGEN (gaz naturel et électricité dans les régions les moins développées), REGIS (régions ultra-périphériques), PRISMA (aides aux entreprises pour l'amélioration d'infrastructures et de services), TELEMATICA (promotion de services avancés de télécommunications),
EUROFORM (développement de nouvelles qualifications et d'opportunités d'emploi par le biais de mesures transnationales), NOW (réinsertion professionnelle des femmes et formation professionnelle), HORIZON (promouvoir l'intégration économique et professionnelle des personnes handicapées et des groupes défavorisés), RETEX (diversification économique de zones dépendant du secteur textile et de la confection), RESIDER (nouvelles activités économiques qui créent des postes de travail).
 
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